Skip to content

Podpis MicroRNA powiązany z rokowaniem i postępem w przewlekłej białaczce limfatycznej ad

1 miesiąc ago

507 words

Przeanalizowaliśmy również kilka mikroRNA dla mutacji w panelu komórek CLL. Metody
Pacjenci i baza danych klinicznych
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka pacjentów. Do badania ekspresji zbadaliśmy 94 próbki komórek CLL po uzyskaniu pisemnej świadomej zgody od pacjentów otrzymujących opiekę w instytucjach konsorcjum badawczego CLL.2,10 Informacje kliniczne i biologiczne (płeć, wiek w momencie rozpoznania, leczenie, czas między diagnozą a terapią, poziom ekspresji ZAP-70 i status mutacji IgVH) był dostępny dla wszystkich pacjentów (Tabela 1). Drugi niezależny zestaw 50 próbek komórek CLL, dla których znany był poziom ekspresji ZAP-70, został wykorzystany do sprawdzenia siły predykcyjnej sygnatury mikroRNA.
Eksperymenty RNA, Northern Blotting i MicroRNA-Microchip Experiments
Wykonywano ekstrakcję RNA, blotting Northern i procedury mikroprocesorowe mikroRNA, jak opisano szczegółowo w innych miejscach 20, 21. W skrócie, wyznakowane cele z 5 .g całkowitego RNA zastosowano do hybrydyzacji na każdym mikrochipie mikroRNA, który zawierał trzykrotności 368 sond, odpowiadające 245 genów ludzkich i mysich mikroRNA. Przetestowaliśmy 76 mikroRNA na mikroprocesorze microRNA z dwoma specyficznymi syntetycznymi oligomerami; jeden zidentyfikował aktywną 22-nukleotydową część cząsteczki, a drugi wykrył prekursor złożony z 60 do 110 nukleotydów.
Analiza statystyczna
Surowe dane zostały znormalizowane i przeanalizowane przy użyciu oprogramowania GeneSpring (wersja 7.2, Silicon Genetics). Dane dotyczące ekspresji koncentrowały się wokół mediany z wykorzystaniem samej opcji normalizacji GeneSpring i z globalną normalizacją zawartą w pakiecie Bioconductor (www.bioconductor.org), bez istotnych różnic w wynikach. Dokonano porównań statystycznych za pomocą narzędzia analizy georadarowej GeneSpring i oprogramowania do analizy istotności mikromacierzy (SAM) (dostępnego pod adresem www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/index.html). Prognozy dotyczące mikroRNA obliczono za pomocą oprogramowania do analizy predykcyjnej oprogramowania Microarray (PAM) (dostępnego pod adresem www-stat.stanford.edu/~tibs/PAM/index.html); Narzędzie Vector Support Machine programu GeneSpring zostało użyte do sprawdzania krzyżowego i prognozowania zestawu testowego. Wykres Kaplana-Meiera (część analizy przeżycia w oprogramowaniu PAM) został wykorzystany do zidentyfikowania jakiegokolwiek związku między ekspresją mikroRNA a czasem od diagnozy do początku terapii. W tym samym czasie zidentyfikowano mikroRNA najlepiej odróżniające się od grup pacjentów. Wszystkie dane zostały przesłane do bazy danych Array Express przy użyciu MIAMExpress (numery dostępu E-TABM-41 i E-TABM-42). Zatwierdziliśmy dane mikromacierzy dla czterech mikroRNA (miR-16-1, miR-26a, miR-206 i miR-223) w 11 próbkach CLL i prawidłowych komórkach CD5 + za pomocą wykrywania hybrydyzacji w roztworze, jak opisano w innym miejscu. Ekspresję miR-15a i miR-16-1 u pacjentów z mutacją linii zarodkowej potwierdzono metodą Northern blotting.
Analiza ZAP-70 i analiza sekwencji IgVH
Analizę ZAP-70 i analizę sekwencji IgVH przeprowadzono w sposób opisany uprzednio2. W skrócie, ekspresję ZAP-70 oceniono za pomocą immunoblottingu i cytometrii przepływowej, podczas gdy analizę ekspresji IgVH przeprowadzono przez bezpośrednie sekwencjonowanie.
Wykrywanie mutacji mikroRNA
Region genomowy odpowiadający każdemu prekursorowemu mikroRNA z 40 próbek komórek CLL i normalnych komórek jednojądrzastych od trzech osobników kontrolnych został wzmocniony, w tym co najmniej 50 pz na końcach 5 i 3
[więcej w: ciekawe choroby genetyczne, olej z pestek słonecznika, priligy gdzie kupic ]
[podobne: nfz olsztyn sanatoria, ornitoza u gołębi, przychodnia unii lubelskiej szczecin ]

0 thoughts on “Podpis MicroRNA powiązany z rokowaniem i postępem w przewlekłej białaczce limfatycznej ad”

  1. [..] odnosnik do informacji w naukowej publikacji odnosnie: Ginekolog Rydułtowy[…]